يعود جامع الاقمر للعصر الفاطمي حيث بناه الخليفة الفاطمي الآمر بأحكام الله أبو علي المنصور بن المستعلي الخليفة السابع من خلفاء الدولة الفاطمية في مصر سنة 519هـ (1125م).
وأشرف على البناء الوزير أبو عبد الله محمد بن فاتك البطائحي المعروف باسم المأمون البطائحي، وقد دون ابن فاتك اسمه إلى جانب اسم الخليفة الآمر في النصوص الكتابية بالخط الكوفي الدقيق على واجهة الجامع.
ويعد جامع الأقمر واحدا من مفاخر العمارة الإسلامية الفاطمية فهو يتميز بجمال واجهته الحجرية المزخرفة بوجود المقرنص المشطوف على الجانبين.
وأوضح عاطف الدباح المشرف على المكتب الفني للأمين العام للمجلس الأعلى للآثار، أن واجهة الجامع تعد أول واجهة حجرية لجامع في القاهرة.
وتابع أما باقي الجامع مبني من الداخل بالطوب الآجر والواجهة منحرفة لتساير خط تنظيم الشارع، وصحن الجامع مكشوف يحيط به أربعة أروقة أكبرها وأعمقها رواق القبلة والأسقف مغطاة بقباب ضحلة.
كما يوجد لوحة تذكارية تسجل أعمال تجديد الجامع التي أجراها الأمير يليغا السالمي سنة 1396م بأمر السلطان برقوق، ويشير النص الكتابي أن أعمال التجديد شملت إقامة المئذنة وعمل المنبر.
وقد أجريت العديد من أعمال تجديد على الجامع بعد إنشائه حيث قام بتطويره الأمير سليمان آغا السلحدار سنة 1821 في أيام محمد علي باشا، كما قامت لجنة حفظ الآثار العربية بترميمه وتجديده عام 1928، وقام المجلس الأعلى للآثار بترميمه وإزالة المباني التي كانت أمام واجهته بحيث ظهرت زخارف الواجهة كاملة.